Es éste un museo de contenido americanista, sus colecciones se definen bajo tres líneas temáticas:

1) Relacionada con los viajes de Colón y el descubrimiento de América, lo que da pie a la exposición de elementos náuticos, documentales y pictóricos. Además de una colección de cerámica y una reproducción de cestería de diferentes poblaciones indígenas de América. Una reproducción de la cabina de una carabela.

2) Siguiendo una línea artística, está la exposición pictórica que va desde el siglo XVI hasta principios del XX.

3) Documentos, ilustraciones, mapas, planos y maquetas que muestran la evolución inicial de la ciudad de Las Palmas.

La entrada, por la Calle Colón, presenta una fachada de estilo gótico del siglo XVI, es la única portada original, las otras dos portadas de la Calle Herrería y de la Plaza del Pilar Nuevo, se diseñaron para la inauguración del Museo. En ellas destacan las balconadas de madera de la segunda planta.
La estructura del Museo está compuesta por un total de tres edificaciones que se comunican desde los cuatro patios interiores, característicos de las casas señoriales de Vegueta. El patio de los Hidalgos conserva la balconada original del siglo XVIII, construida con madera de tea de pino canario.

Las salas de exposición permanente, un total de trece, se distribuyen en dos plantas, en torno a los patios de Armas y del Pozo, con acceso a la cripta.

• Salas sobre los viajes de Cristóbal Colón a América y su paso por las Islas Canarias.

• El papel de Canarias en el Descubrimiento.

• Muestras de culturas precolombinas.

• Salas de Cartografía e instrumentos de navegación.

• Muestras de la evolución histórica de Las Palmas de Gran Canaria.

• Salas de pintura.

En los distintos espacios se integra mobiliario de época, enseres y dependencias de interés etnográfico, en concreto se conserva la cocina de la casa, en piedra, con fogón de leña, loza tradicional, hornacina con vajilla de importación y mobiliario formado por mesa de cocina y taburetes. Aunque su finalidad principal es la de mostrar piezas histórico artísticas, cuenta entre sus colecciones con mobiliario tradicional de interesante factura y tipología. Y una reproducción de la cabina de una carabela.

Cuenta la Casa Colón con un bello y cuidado salón de actos y destacamos que cada estancia tiene techos de artesonado.